Pusat permukiman. Selama 2300 tahun, Bahrain menjadi pusat perdagangan dunia di antara Mesopotamia (sekarang Irak) dan Lembah Indus (sekarang sebuah wilayah di India). Adalah peradaban Dilmun yang mempunyai kaitan erat dengan Peradaban Sumeria pada abad ke-3 SM. Bahrain menjadi bagian dari Babilonia lebih kurang pada tahun 600 SM. Catatan-catatan sejarah menunjukkan Bahrain dikenal melalui berbagai julukan yang di antaranya "Mutiara Teluk Persia".
Bahrain hingga tahun 1521 terdiri dari daerah Ahsa (yang lebih besar), Qatif (keduanya kini menjadi provinsi timur Arab Saudi), serta Awal (kini pulau Bahrain). Daerah Bahrain terbentang hingga (kini) Kuwait hingga Oman dan dinamakan Provinsi Bahrain (atau Iqlim Al-Bahrain). Namun pada 1521, kedatangan Portugis telah memisahkan Awal (kini Bahrain) dengan daerah lainnya dan hingga kini Bahrain dikenal sebagai wilayah yang dikenal sekarang.
Dari abad ke-16 Masehi hingga tahun 1743, pemerintahan Bahrain sentiasa berubah-ubah di antara Portugis dan Persia. Akhirnya, Sultan Persia, Nader Shah menguasai Bahrain dan atas alasan politik mendukung mayoritas Syi'ah. Pada lewat abad ke-18 Masehi Keluarga Al-Khalifah mengambil alih pulau ini. Untuk menjaga agar pulau ini tidak jatuh kembali ke tangan Persia, mereka menjalin persahabatan dengan Britania Raya dan menjadi negeri di bawah naungan Britania.
Minyak ditemukan pada tahun 1931 dan sejak itu Bahrain dibangun dan mengalami modernisasi pesat. Hal ini juga menjadikan hubungan dengan Britania Raya lebih baik dan dibuktikan dengan makin banyaknya pangkalan-pangkalan Inggris yang pindah ke pulau tersebut. Pengaruh menguat seiring dengan makin berkembangnya negara ini, puncaknya saat Charles Belgrave dilantik menjadi penasihat. Belgrave kemudian mengukuhkan sistem pendidikan modern sebagai bagian pendidikan di Bahrain.
Setelah Perang Dunia II, sentimen anti-Inggris menguat di wilayah-wilayah Arab dan mengakibatkan terjadinya kerusuhan di Bahrain. Pada tahun 1960-an, pihak Inggris menyerahkan masa depan Bahrain pada arbitrase internasional dan meminta agar PBB mengambil alih tanggung jawab. Pada tahun 1970, Iran terus menerus menuntut haknya terhadap Bahrain dan pulau-pulau lain di Teluk Persia, namun salah satu perjanjian dengan pihak Britania Raya, mereka kemudian setuju untuk tidak meneruskan tuntutannya terhadap Bahrain jika tuntutan (Iran) lainnya dikabulkan.
Britania Raya mundur dari Bahrain pada bulan Agustus 1971, menjadikan Bahrain sebagai sebuah negara 'merdeka'. Peningkatan harga minyak pada tahun 1980-an sangat menguntungkan Bahrain, namun harga minyak yang turun drastis malah tidak terlalu mengguncang perekonomian walaupun terasa sulit. Hal ini mengakibatkan sektor ekonomi dipaksa berkembang dan bervariasi.
Setelah terjadinya Revolusi Islam di Iran pada tahun 1979, tokoh Syi'ah Bahrain pada tahun 1981 melancarkan perebutan kekuasaan. Walau bagaimanapun, percobaan mereka gagal. Pada tahun 1994, kerusuhan demi kerusuhan dilakukan oleh golongan Syi'ah yang tidak puas dengan ketidakadilan pemerintahan.
Pada bulan Maret 1999, Hamad ibn Isa al-Khalifah menggantikan ayahandanya sebagai kepala negara. Ia menjalankan berbagai perubahan, di antaranya; memberi hak pilih kepada kaum wanita dan membebaskan semua tahanan politik.
Bahrain hingga hari ini merupakan anggota Liga Arab.
